Auditoria operacional é o processo de coleta e análise sistemáticas de informações sobre características, processos e resultados de um programa, atividade ou organização, com base em critérios fundamentados, com o objetivo de aferir o desempenho da gestão governamental, subsidiar os mecanismos de responsabilização por desempenho e contribuir para aperfeiçoar a gestão pública.

É uma das vertentes de atuação do TCU e, no que se refere à fiscalização de programas de governo, visa contribuir para a melhoria de seu desempenho e, ainda, aumentar a efetividade do controle, por meio da mobilização de atores sociais no acompanhamento e na avaliação dos objetivos, da implementação e dos resultados das políticas públicas.